به گزارش ورزش سه، مارکو باکیچ در تابستان سال ۱۴۰۴ و در شرایطی به پرسپولیس پیوست که هدایت این تیم بر عهده وحید هاشمیان بود. این ستاره بلندقامت از همان هفته‌های ابتدایی در ترکیب ثابت قرار گرفته و با گلزنی در لحظات پایانی و با یک ضربه ایستگاهی تماشایی مقابل تراکتور و علیرضا بیرانوند در تبریز، به محبوبیت مضاعفی در بین طرفداران پرسپولیس دست یافت. اما یک مصدومیت نابهنگام، روند رو به رشد این هافبک جنگنده را متوقف کرد و البته در مجموع او در اولین فصل حضور خود در باشگاه، شرایط استانداردی را تجربه کرد.
اما در فصل تابستان و بعد از اضافه شدن چند نام جدید به خط میانی پرسپولیس، شرایط برای این هافبک خارجی دشوار شده و مارکو باکیچ در فصل جدید حتی یک بار نیز در ترکیب ثابت این تیم قرار نگرفته است.